W chwili rozpoczęcia ich współpracy zespół zajmował pierwsze miejsce w tabeli IV ligi. Ostatecznie w sezonie 2001/2002 Motor wywalczył awans do III ligi z 26-punktową przewagą nad drugą w tabeli Tomasovią Tomaszów Lubelski.
thumb|Sezon 2007/2008, Motor Lublin 2:0 Polonia Warszawa, stadion przy Alejach Zygmuntowskich, 18 sierpnia 2007 r.
W sezonie 2006/2007 zespół pod wodzą Ryszarda Kuźmy wygrał rozgrywki III ligi i po 11-letniej przerwie wrócił do II ligilechia.gda.pl, Mocna grupa beniaminków90minut.pl, III liga 2006/2007, grupa: 4. Awans został przesądzony 6 czerwca 2007 r. bezbramkowym wyjazdowym remisem z Sandecją Nowy Sącz. W sezonie 2008/2009 Motor zajął spadkowe 15. miejsce, mimo to przystąpił w następnym sezonie do rozgrywek o mistrzostwo II ligi, po nieotrzymaniu licencji przez GKS Jastrzębie. Po zakończeniu sezonu z klubu odszedł trener Kuźma, który przyjął pracę asystenta Jacka Zielińskiego w Lechu Poznań. W sezonie 2009/2010 Motor zajął spadkowe 18. miejsce i został zdegradowany na III poziom rozgrywkowy.