13 lipca 1812 roku przeniesiono go do 21 pułku piechoty na stanowisko szefa batalionu w stopniu podpułkownika. Pułk ten formował się w Białymstoku, liczył on zaledwie 500 osób a jedynymi działaniami zbrojnymi w jakich brał udział była obrona Modlina w 1813 roku. Niestety ta batalia zrujnowała zdrowie Franciszkowi Górskiemu. Jego batalion w czasie oblężenia zajmował redutę naprzeciw Nowego Dworu. a akurat w tym roku „Wisła zalała całą okolicę, reduta cudem ocalała bo za chwilę mogła zginąć, ale szczęściem Wisła zaczęła opadać i szczęśliwie szli wszyscy niebezpieczeństwa”. W czasie kapitulacji twierdzy był tak słaby i chory iż wywiózł go wózkiem zaprzęgniętym w osła stary sługa Prayzner.
Po ogłoszeniu powstania Królestwa Polskiego Franciszek wstąpił do Wojska Królestwa Polskiego. Mimo że w Armii Księstwa Warszawskiego służył w stopniu podpułkownika przyjęto go najpierw w stopniu majora. Dopiero 24 grudnia 1815 roku otrzymał stopień podpułkownika w 8 pułku piechoty.