Czechowski nie zrezygnował ze swojego pomysłu. Uzyskał przychylną ocenę planu swego przedsięwzięcia przez adwentystów dnia pierwszego, którzy akceptują i finansują jego misjonarski wyjazd do Europy, po uzyskaniu informacji o różnicy zdań Czechowskiego i administracji adwentystów dnia siódmego w sprawie zagranicznych misji. Adwentyści dnia pierwszego założyli, że stanowisko ich i Czechowskiego w teologicznych kwestiach jest identyczne. Tak jednak nie było.
Do Europy powrócił w roku 1864. Chociaż był finansowany przez adwentystów dnia pierwszego, po przyjeździe do Europy zakładał pierwsze zbory adwentystów dnia siódmego we Włoszech, Szwajcarii (gdzie utworzył również wydawnictwo), w Niemczech, na Węgrzech, w Rumunii i w końcu w Austrii. Był więc pierwszym, aczkolwiek nieformalnym, misjonarzem adwentystów dnia siódmego w Europie. Posiadając paszport amerykański poruszał się bez przeszkód po starym kontynencie. Swym europejskim współwyznawcom nie ujawnił istnienia Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego w Stanach Zjednoczonych. Fakt ten został odkryty przypadkowo i w efekcie została nawiązana komunikacja między dwoma ośrodkami adwentyzmu.