W gabinecie Tadeusza Mazowieckiego zajmował stanowisko podsekretarza stanu w Urzędzie Postępu Naukowo-Technicznego i Wdrożeń (1989–1991); 12 stycznia–22 marca 1991 tymczasowy kierownik UPNTiW, znajdującego się w likwidacji w celu utworzenia KBN.

Pod koniec życia – od 1992 – współorganizował i był dyrektorem Szkoły Nauk Społecznych przy Instytucie Filozofii i Socjologii PAN, pracował także jako wykładowca Collegium Civitas. Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Alei Zasłużonych (kwatera 29A-tuje-11)Wyszukiwarka cmentarna – Warszawskie cmentarze..

Koncepcja ideałów wiedzy – zarys stanowiska filozoficznego Filozofię nauki Amsterdamskiego zaliczyć można do nurtu historycznej filozofii nauki. W jego twórczości filozoficznej dwóch filozofów odegrało szczególną rolę: Karl Popper i Thomas Kuhn.

Stefan Amsterdamski poszukując charakterystycznych momentów postępowania uczonych wprowadził koncepcję ideałów nauki, jako kontrpropozycję dla ujęcia Kuhna. Pojęcie to oznaczać ma zespół uznawanych w danym czasie poglądów na cele działalności uczonych, poglądów wyznaczających zarazem jej metodę i etos. Ideał nauki ...