In the Beginning zawierająca nagrania pochodzące z minialbumów Ramses Bringer of War oraz Festivals of Atonement.
W 2000 roku zespół rozpoczął proces rejestracji albumu Black Seeds of Vengeance. W nagraniach poza członkami zespołu wzięli również udział perkusista Derek Roddy, który według doniesień zespołu zrealizował większość śladów perkusyjnych na płycie; instrumentalista Mostafa Abd el Aziz (arghul), wokaliści Aly et Maher el Helbney, Mohammed el Hebney (inkantacje) oraz członek nowojorskiej grupy muzycznej Immolation Ross Dolan, wspomniany Derek Roddy, Gary Jones, Scott Wilson, Bob Moore i Boz Porter. Wydawnictwo ukazało się 5 września tego samego roku. W 2001 roku do zespołu dołączył basista Jon Vesano, który zastąpił Chiefa Spiresa. 20 sierpnia 2002 roku ukazał się trzeci album zespołu pt. In Their Darkened Shrines z tradycyjnymi dla zespołu tekstami inspirowanymi tematyką starożytnego Egiptu i książką The Nameless City autorstwa Howarda Phillipsa Lovecrafta. Gościnnie podczas sesji nagraniowej zaśpiewał Mike Breazeale. Wydany nakładem Relapse Records album powstał w The Sound Lab Stuidos we współpracy z producentem Bobem Moore’em. Karl Sanders o realizacji płyty: „Powiedziałbym, że tym razem było o wiele łatwiej, niż podczas pracy nad „Black Seeds Of Vengeance”.