Habilitował się w 1930 z zakresu historii ziem zachodnich, następnie do wybuchu wojny wykładał jako docent na Uniwersytecie Poznańskim.

II wojnę światową spędził w Ostrowcu Świętokrzyskim oraz na podostrowieckiej wsi, gdzie pracował jako urzędnik folwarczny i prowadził tajne nauczanie młodzieży gimnazjalnej. Na Kielecczyźnie znalazł się wraz z rodziną w wyniku wysiedlenia z Poznania przez niemieckiego okupanta w pierwszych tygodniach wojny.

W końcu 1944 przeniósł się do Lublina, gdzie objął profesurę na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim (historia nowożytna). Od 1945 kierował tam Katedrą Historii Kultury Polskiej, w latach 1947–1948 był dziekanem Wydziału Nauk Humanistycznych oraz sekretarzem generalnym i wiceprezesem Towarzystwa Naukowego KUL, od 1944 do 1949 był dyrektorem Biblioteki Uniwersyteckiej.

W latach 1952–1956 poseł na Sejm z okręgu lubelskiego. Przeszedł w stan spoczynku w 1962.

Zmarł w 1975. Został pochowany na cmentarzu przy ulicy Unickiej w Lublinie.

Jego synem był biskup rzymskokatolicki Julian Wojtkowski.