Pion cywilny, zwany sztabem cywilnym, tworzyli: szef spraw społeczno-politycznych, szef administracji, szef propagandy i szef gospodarczo-administracyjny. Podobną strukturę przewidywano dla jednostek podległych sztabowi Komendy Dzielnicy Zachodniej. Podział terenowy przewidywał istnienie Okręgów (na bazie województw sprzed wybuchu wojny obronnej 1939 r.), Rejonów (na które miały składać się 3–5 powiatów i miasto Poznań), Komend Powiatowych, Gmin i Piątek.
NOB osiągnęła prawdopodobnie stan 30–35 tys. członków, z tego 1/3 na terenie Poznania. Pomimo niechęci do ZWZ w praktyce dochodziło do współpracy między obu organizacjami, np. grupa sabotażowa NOB pod dowództwem Antoniego Kopaczewskiego współdziałała z poznańskim Związkiem Odwetu ZWZ.
Na pocz. grudnia 1940 r. Gestapo przeprowadziło liczne aresztowania dużej części kadry dowódczej i szeregowych członków NOB. Trwały one do grudnia 1941 r. i doprowadziły także do rozbicia kierownictwa konspiracyjnego Zarządu Głównego SN w Warszawie. W lutym 1941 r. podjęta została przez ks. J. Mirochnę jako pełnomocnika SN do rekonstrukcji konspiracji poznańskiej próba odbudowy organizacji w Poznaniu, ale w marcu tego roku Gestapo rozbiło nową strukturę NOB.