W okresie reformacji Łużyce Dolne jako jedyny kraj we włościach habsburskich przeszedł całkowicie (oprócz klasztoru Neuzelle) na luteranizm. Mimo próby rekatolizacji przez Ferdynanda I region pozostał protestancki. W trakcie wojny trzydziestoletniej Łużyce Dolne początkowo stały na uboczu, jednak w dalszych jej etapach zostały znacząco zniszczone przez wojska szwedzkie. W 1635 r. w wyniku pokoju praskiego prawie całe Górne i Dolne Łużyce przyłączono do Saksonii. W latach 1697–1763 pod panowaniem królów Polski Augusta II Mocnego i Augusta III Sasa. Pamiątką z tego okresu są liczne pocztowe słupy dystansowe z herbami Polski i Saksonii i/lub monogramami królów.
W 1807 scalono Łużyce po włączeniu Chociebuża do Królestwa Saksonii. Stan taki utrzymał się do 1815 r. gdy na mocy postanowień kongresu wiedeńskiego Łużyce Dolne przyłączono do pruskiej prowincji Brandenburgia. W 1816 r. nastąpiła reorganizacja administracyjna i region podzielono na siedem powiatów: Chociebuż, Żary, Gródek (Spremberg), Kaława (Calau), Łuków (Luckau), Lubin (Lübben;