Najazdy Czyngis-chana w XIII oraz Timura w XV w. zadały Kościołowi gruzińskiemu wiele strat. Między XV a XVIII w. przeżywał on podział. W okresie tym istniały dwa Kościoły gruzińskie, na czele których stali odrębni patriarchowie. W latach 1801–1810 podbój ziem gruzińskich przeprowadziło Imperium Rosyjskie. Nowo zdobyte ziemie były poddawane silnej rusyfikacji. Władze rosyjskie doprowadziły do włączenia Cerkwi gruzińskiej w skład Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i zniesienia w 1811 jej autokefalii. Wraz ze zmianą statusu Cerkwi gruzińskiej wprowadzone zostały m.in. zmiany w liturgii na ryt obowiązujący w Kościele rosyjskim. Tuż po detronizacji cara Mikołaja II, w marcu 1917, biskupi gruzińscy zadecydowali o przywróceniu swemu Kościołowi autokefalii, wybierając na Katolikosa-Patriarchę Kiriona (Sadzagliszwilego). Autokefalia nie została uznana przez Kościół rosyjski. Cerkiew gruzińska, podobnie jak i inne Kościoły w Związku Radzieckim, nie zdołała uniknąć krwawych represji ze strony władz komunistycznych, które miały miejsce zarówno w pierwszym okresie istnienia ZSRR, jak i po II wojnie światowej. Czystki stalinowskie przyniosły śmierć setek gruzińskich duchownych, zlikwidowano większość parafii. W 1943 Rosyjski Kościół Prawosławny uznał autokefalię Cerkwi gruzińskiej.