Działa także Biuro Informacyjne Federacji Anarchistycznej. Za jego pośrednictwem, w okresie między zjazdami, podejmowane są decyzje dotyczące bieżących spraw zewnętrznych. Biuro koordynuje przepływ informacji między sekcjami, działa jako łącznik między sekcjami, aktualizuje listę kontaktową wszystkich sekcji, przyjmuje uchwały.
Grupy wchodzące w skład Federacji cieszą się dużą autonomią. Sekcje muszą jednak zgadzać się z założeniami ideowymi Federacji, która „zrzesza osoby, których celem jest obalenie hierarchicznego porządku społecznego, zaprzeczającego idei wolności i demokracji”, i która dąży do „stworzenia samorządnego społeczeństwa, tworzonego na zasadzie dobrowolności”. Na konkretnej sekcji spoczywa obowiązek organizacji zjazdu FA, a wszystkie grupy należące do Federacji są zobowiązane brać w nim udział. Podmioty zobowiązujące się do wykonania zadań na rzecz Federacji muszą podczas najbliższego zjazdu przedstawić sprawozdanie ze swoich prac związanych z wykonaniem tych zadań. Jeśli nie mogą uczestniczyć w kolejnym zjeździe, zobowiązane są do przedstawienia sprawozdania pisemnego.