Siedziba papieska thumb|Papież Franciszek wchodzący do Domus Sanctae Marthae. W Domu urządzono również nieco większy apartament papieski (oficjalnie zwany patriarszym), do którego po konklawe wprowadza się nowo wybrany papież. Benedykt XVI pozostał tam tylko do czasu zakończenia remontu apartamentów papieskich w Pałacu Apostolskim, który rozpoczął się w okresie sede vacante, jednak trwał jeszcze na początku nowego pontyfikatu. Papież Franciszek uczynił z Domu św. Marty miejsce swojego stałego zamieszkania i postanowił nie przenosić się do czekającej na niego znacznie większej siedziby w Pałacu. Pokoje papieskie w Pałacu Apostolskim były wykorzystywane przez Franciszka jako powierzchnia biurowa oraz dla celów reprezentacyjnych, z kolei apartament w Domu pełnił rolę jego prywatnego mieszkania. Od czasu jego wyboru tradycyjna poranna msza papieska, odprawiana wcześniej w prywatnej kaplicy w Pałacu Apostolskim z udziałem wąskiego grona współpracowników papieża i zaproszonych gości, zaczęła odbywać się w głównej kaplicy Domu św. Marty, zaś pracownicy Domu i innych jednostek watykańskich oraz zatrzymujące się tam osoby mogły swobodnie w niej uczestniczyć.