Jeden z nich znalazł się wówczas na wzgórzu Kopa w pobliżu dzisiejszej świątyni. Jak głosi jedna z legend, to na pokładzie tego statku znajdowała się księżniczka Gertruda, która w obliczu niebezpieczeństwa modliła się i przyrzekała, że jeśli zostanie uratowana to w miejscu w którym wyląduje, w podzięce za szczęśliwe dotarcie do lądu ufunduje kaplicę.
Następna wzmianka pochodzi z wizytacji księcia Barnima XI w 1539 roku. Górna część kaplicy św. Gertrudy widoczna jest również na panoramie miasta z mapy Lubinusa z 1618 roku. Kolejne zapiski dotyczą m.in.: pożaru, remontów i wyposażenia świątyni oraz kilka informacji na temat administracji dochodów: dane dotyczące przychodów kasowych, z takich tytułów jak opłaty za miejsca cmentarne, dzierżawę ławek i jałmużnę.
Po II wojnie światowej Po II wojnie światowej w kaplicy odprawiano pierwsze msze św. dla pierwszych osadników. Po utworzeniu parafii w pobliskim kościele Matki Bożej Częstochowskiej kaplica popadała w ruinę. W latach 60. XX wieku przeprowadzono gruntowny remont i budowla zaczęła pełnić funkcję kaplicy cmentarnej.