Genji był drugim synem japońskiego cesarza i niskiej rangą konkubiny. Jego matka umiera, kiedy ma 3 lata, cesarz nie może jej tego wybaczyć. Usłyszawszy o kobiecie zwanej Fujitsubo, księżniczce poprzedniego cesarza, która przypomina jego zmarłą konkubinę, sprowadza ją do swojego pałacu. Genji kocha ją najpierw jako swoją macochę, później jako kobietę. Zakochują się w sobie. Jest to jednak zabronione. Genji jest sfrustrowany zakazaną miłością i zaczyna się kłócić ze swoją żoną Aoi no Ue. Angażuje się w liczne niespełniające jego miłosnych zapotrzebowań związki.
Genji zachorował na „chorobę dziecięcą” (warawa-yami, okori) podobną do malarii i udał się do starego maga (mędrca) mieszkającego na wzgórzach Kitayama w pobliżu Kioto, aby się leczyć. Podczas pobytu tam napotkał piękną dziewczynkę (miała wówczas 10 latKsiążę Genji miał wówczas 18 lat., później znaną jako Murasaki no Ue). Zafascynowany nią dowiaduje się, że jest ona siostrzenicą Fujitsubo. Sprowadza ją do własnego pałacu i rozpoczyna jej edukację, aby została jego idealną partnerką, jak Fujitsubo, z którą spotyka się potajemnie i która rodzi jego syna. Wszyscy oprócz dwojga kochanków uważają, iż niemowlę jest dzieckiem cesarza. Później, młody zostaje następcą tronu, a Fujitsubo cesarzową.