W 1999 roku Musisi wrócił do Villa SC. W latach 1999–2001 trzykrotnie z rzędu był mistrzem kraju. W 2000 roku zdobył też krajowy puchar. W 2002 roku wyjechał do Wietnamu i przez 2,5 roku grał w tamtejszym klubie Đà Nẵng FC. W latach 2004–2005 ponownie grał w ojczyźnie, w zespole Ggaba United, w którym zakończył karierę.
13 grudnia 2005 roku Musisi zmarł w szpitalu w Kampali po długiej chorobie.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1985 Villa SC
Premier League ? ? 1986 Villa SC
Premier League ? ? 1987 Villa SC
Premier League ? ? 1988 Villa SC
Premier League ? ? 1989 Villa SC
Premier League ? ? 1990 Villa SC
Premier League ? ? 1991 Villa SC
Premier League ? ? 1992 Villa SC
Premier League ? ? 1992/93 Stade Rennais
Division 2 32 12 1993/94 Stade Rennais
Division 2 19 0 1994/95 Bursaspor
Süper Lig 34 9 1995/96 Bursaspor
Süper Lig 30 15 1996/97 Bursaspor
Süper Lig 13 7 1996/97 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 17 5 1997/98 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 33 15 1998/99 Çanakkale Dardanelspor
Süper Lig 29 9 1999 Villa SC
Premier League ? ? 2000 Villa SC
Premier League ? ? 2001 Villa SC
Premier League ? ? 2002 Đà Nẵng FC
V-League ? ? 2003 Đà Nẵng FC
V-League ? ? 2004 Đà Nẵng FC