Oficjalną likwidację diecezji chełmskiej poprzedziła kampania oczyszczania obrządku unickiego z elementów o pochodzeniu łacińskim, jakie pojawiły się w nim wskutek bliskich kontaktów między unicką a rzymskokatolicką ludnością Chełmszczyzny. Zreformowano również unickie seminarium duchowne, upodabniając je do szkół prawosławnych tego samego szczebla działających w Rosji, ograniczono kompetencje biskupa chełmskiego w stosunku do proboszczów i konsystorza, dokonano przebudów świątyń w duchu architektury rosyjskiej. Znaczącą rolę w realizacji polityki państwowej odegrali duchowni uniccy sprowadzeni z Galicji, moskalofile i uczestnicy ruchu obrzędowego, chętnie wdrażający w swoich parafiach polecenia rosyjskiej administracji.
W ostatniej fazie przygotowań do likwidacji diecezji, gdy parafie unickie zmuszono do wykorzystywania w nabożeństwach rytu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, na Chełmszczyźnie i Podlasiu doszło do zamieszek na tle wyznaniowym. Unici domagali się zachowania dotychczasowych obrzędów i niewprowadzania prawosławia. Akty biernego i czynnego oporu trwały przez cały rok 1874 i początek 1875. Protesty tłumiło wojsko rosyjskie;