Historia i główne projekty mały|lewo|Siedziba CBH PAN w Berlinie CBH PAN powstało dzięki możliwości szerszej polsko-niemieckiej współpracy naukowej, która pojawiła się wraz z transformacją systemową w Polsce po 1989 r., zjednoczeniem Niemiec w latach 1989–1990 i podpisaniem polsko-niemieckiego traktatu o dobrym sąsiedztwie w 1991 r. W 1999 r. PAN powołała do życia Stację Naukową w Berlinie, a w 2006 r. przekształciła ją w CBH PAN, którego zadaniem stało się badanie relacji polsko-niemieckich. Idea CBH PAN wzorowana była na Niemieckim Instytucie Historycznym w Warszawie.
W pierwszych latach istnienia CBH PAN zrealizowało projekty, które ugruntowały jego pozycję w berlińskim środowisku naukowym (m.in. My Berlińczycy! Wir Berliner! Polacy w rozwoju Berlina (XVIII–XXI wiek), 2006–2009; „Modi Memorandi”: Interdyscyplinarny leksykon terminów pamięci zbiorowej, 2011–2014; Polsko-niemieckie miejsca pamięci, 2012–2015; Unsettling Remembering and Social Cohesion in Transnational Europe (UNREST) w ramach programu Unii Europejskiej „Horyzont 2020”, 2015–2019).