W 1986 z funkcji prezesa Sądu Najwyższego zrezygnował Warren Earl Burger (ze względu na podeszły wiek) i prezydent Ronald Reagan powołał w jego miejsce Rehnquista; został on zaprzysiężony 26 września 1986.
W 1999 Rehnquist był drugim w historii prezesem Sądu Najwyższego USA, przewodzącym procedurze impeachmentu wobec prezydenta (Billa Clintona).
Z tytułu pełnienia funkcji prezesa Sądu Najwyższego dokonywał zaprzysiężenia Prezydentów USA: George’a H.W. Busha (1989), Billa Clintona (1993 i 1997) oraz George’a W. Busha (2001 i 2005).
W październiku 2004 Rehnquist ukończył 80 lat; w ostatnich latach ciężko chorował (zdiagnozowano chorobę nowotworową), ale zajmował jedno z najbardziej wpływowych stanowisk w USA do końca życia. Był wymieniany jako jedna z osób, mogących być informatorem w aferze Watergate (Głębokie Gardło), ale w maju 2005 ujawniono, że informatorem tym był Mark Felt.
Z małżeństwa z Natalie Cornell (od 1953, zm.