Przebudowa polegała przede wszystkim na wzmocnieniu jego dziobu przez pokrycie osłoną z drewna dębowego grubości 10 cm (4") i żelaznych płyt grubości 25 mm (1"). Wzmocniono osłonę kadłuba przez bele sprasowanej bawełny umieszczone pomiędzy dodatkowymi drewnianymi przegrodami, co dawało ochronę głównie przed ostrzałem broni strzeleckiej, stąd „General Bragg” był zaliczany do okrętów typu cottonclad. Zamontowano też na nim uzbrojenie w postaci działa gwintowanego 30-funtowego Parrot (114 mm), gładkolufowego działa 32-funtowego (163 mm) i działa gwintowanego 12-funtowego Jamesa (93 mm)Według DANFS. Dane dział – A. Konstam, Mississippi..., s. 20-21.
Służba w Armii Konfederacji Okręt wszedł w skład odtworzonej Flotylli Obrony Rzeki (River Defense Fleet), podporządkowanej Armii Konfederacji i biorącej udział w walkach na Missisipi. Był największą jednostką flotylli, a brygadier generał M. Jeff Thompson określił go jako "najlepszą i najszybszą" z jednostek flotylli Montgomerry’ego. 25 marca 1862 zakończono przebudowę i wysłano okręt z Nowego Orleanu pod Fort Pillow w stanie Tennessee. Dowodził nim komandor ppor. (Capt.) W. H. H. Leonard.