W skład Górnych Jezior wchodzą kolejno: Prošćansko jezero, Ciginovac, Okrugljak, Batinovac, Veliko jezero, Malo jezero, Vir, Galovac, Milino jezero, Gradinsko jezero, Burgeti i Kozjak. Jezioro Kozjak jest największym ze wszystkich jezior: ma powierzchnię 80 hektarów i jest głębokie na 49,5 m. W skład Dolnych Jezior wchodzą: Milanovac, Gavanovac, Kaluđerovac i Novakovića Brod, usytuowane kolejno w głębokiej i wąskiej, kanionowatej dolinie. Największe i najbardziej atrakcyjne wodospady to: Batinovački Slapovi, Galovački Slap, Kozjački Slapovi, Milanovački Slapovi, Slapovi Milke Trnine.
Jeziora zasilane są systemem wód podziemnych i powierzchniowych, wśród których wyróżniają się potoki Crna rijeka i Bijela rijeka. Koło wsi Plitvički Leskovac łączą się one, tworząc rzekę Matica, która już 1 km niżej wpada do pierwszego jeziora – Prošćansko (powierzchnia 63 ha, głębokość maks. 37 m). Potok Plitvice, dopływający po powierzchni otaczającej Plitwickie Jeziora wierzchowiny w rejon najniższego z jezior, spada w głąb doliny wysokim na 78 m Wielkim Wodospadem (chorw. Veliki slap). Jest to największy wodospad Chorwacji. Wody Plitvicy i systemu Jezior Plitwickich łączą się w wysokiej na 25 m kaskadzie Sastavci (chorw. slapište Sastavci), poniżej której dają początek rzece Korana.