Podczas wielkiej czystki został odwołany do Moskwy w czerwcu 1937, aresztowany 21 listopada 1937, oskarżony o "udział w antyradzieckiej organizacji terrorystycznej"; 28 lipca 1938 skazany na śmierć przez Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR i stracony tego samego dnia w miejscu egzekucji Kommunarka, tam też pochowany anonimowo„Z czasem, gdy terror osiągnął apogeum, trupy wywożono nocą ciężarówkami na specjalny poligon NKWD w Butowie, lub na terytorium podległego również Komisariatowi Spraw Wewnętrznych podmoskiewskiego kołchozu „Kommunarka”, gdzie zsypywano je do wyrytych przez buldozery dołów.” Paweł Piotr Wieczorkiewicz, Łańcuch śmierci. Czystka w Armii Czerwonej 1937–1939. Wyd. I Warszawa 2001, Wyd. Oficyna Wydawnicza „Rytm”, , s. 475."Москва, расстрельные списки – спецобъект «Коммунарка»"Послесловие к спискам захороненных в «Коммунарке».
25 kwietnia 1957 zrehabilitowany przez Kolegium Wojskowe SN ZSRR.
Przypisy Давтян Яков Христофорович, w: Компьютерная база данных "Жертвы политических репрессий, расстрелянные и захороненные в Москве и Московской области в период с 1918 по 1953 год (2021).
Bibliografia Яков Христофорович Давтян – biogram na stronie Politechniki Petersburskiej – biogram na stronie Służby Wywiadu Zagranicznego Federacji Rosyjskiej.