Stanisław Jan Czarnowski (ofiarował głównie zabytki archeologiczne) oraz Henryk Zaporski (przekazał kolekcję numizmatów). Mimo działań wojennych w okresie I wojny światowej, Muzeum funkcjonowało nieprzerwanie do 1919 r., kiedy doszło do jego zamknięcia. Działalność muzealną wznowiono dopiero w 1923 r., kiedy funkcję kustosza objął inspektor samorządowy – Julian Piwowarski. Wybuch II wojny światowej spowodował utratę znacznej części zbiorów. Niektóre zabytki udało się ukryć. Lata powojenne upłynęły pod znakiem zmian organizacyjnych. Ostatecznie w 1952 r. Muzeum przeszło pod zarząd Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego. Muzealia były wielokrotnie przenoszone. W 1968 r. zbiory powróciły jednak do zabudowań poklasztornych. W 1981 r. w związku z zagrożeniem w postaci zawalenia się części stropu, podjęto decyzję o przeniesieniu zbiorów do budynku na ul. Konopnickiej 7. Niemalże równocześnie, 7 listopada 1981 r., otwarta została filia Muzeum Regionalnego w Dworku „Zacisze”, gdzie urządzono pierwsze w Polsce Muzeum Kościuszkowskie, eksponujące pamiątki z okresu insurekcji kościuszkowskiej.