Na początku 2007 roku Hakan Bayraktar przeszedł do drugoligowego Malatyasporu. Po zakończeniu sezonu 2007/2008 odszedł do Diyarbakırsporu, innego klubu z 1. Lig. W 2008 roku ponownie został zawodnikiem Gaziantepsporu, w którym spędził dwa sezony. Natomiast w sezonie 2010/2011 grał w Samsunsporze, w drugiej lidze.
Latem 2011 Hakan Bayraktar przeszedł do beniaminka tureckiej Süper Lig, Mersin İdman Yurdu.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1995/96 KFC Lommel
Eerste klasse 0 0 1996/97 KFC Lommel
Eerste klasse 5 0 1997/98 Gaziantepspor
Süper Lig 1 0 1998/99 Gaziantepspor
Süper Lig 15 1 1999/00 Gaziantepspor
Süper Lig 30 0 2000/01 Gaziantepspor
Süper Lig 33 1 2001/02 Fenerbahçe SK
Süper Lig 24 1 2002/03 Fenerbahçe SK
Süper Lig 26 0 2003/04 Fenerbahçe SK
Süper Lig 1 0 2003/04 Gaziantepspor
Süper Lig 9 0 2004/05 Akçaabat Sebatspor
Süper Lig 28 0 2005/06 Sivasspor
Süper Lig 33 1 2006/07 Sivasspor
Süper Lig 11 0 2006/07 Malatyaspor
1. Lig 16 0 2007/08 Diyarbakırspor
1. Lig 26 1 2008/09 Gaziantepspor
Süper Lig 22 2 2009/10 Gaziantepspor
Süper Lig 17 0 2010/11 Samsunspor
1.