Wody Amu-darii zasilały jezioro jeszcze latem 1878 roku; na początku XX wieku wyschło ono całkowicie, pozostały po nim tylko słone bagnaAsian Special Tourism – Lakes in Central Asia..
Współcześnie istniejące jezioro powstało w ZSRR w latach 60. XX wieku, w wyniku rabunkowej eksploatacji wód rzek Azji Środkowej do nawadniania upraw bawełny. Sieć kanałów doprowadziła do odpływu znacznej części wód Amu-darii z głównego koryta rzeki i ponownego zalania kotliny. Przyczyniło się to do dalszego rozwoju katastrofy ekologicznej w rejonie Jeziora Aralskiego, położonego na północny wschód od Sarykamyskiego. Napływ wód do Jeziora Aralskiego stał się za mały, aby zrównoważyć parowanie i czwarte co do wielkości jezioro na świecie praktycznie zanikło. Jednocześnie w Kotlinie Sarykamyskiej utworzyło się dziesiąte pod względem powierzchni jezioro Azji.
Ekologia Wody jeziora Sarykamyskiego są zasolone i zatrute pestycydami i herbicydami spływającymi z rozległych pól uprawianej tu bawełny. Mimo tego występuje w nim obecnie kilka gatunków ryb, w dużej części introdukowanych;