World Trade Center, 11 września 2001 roku Słysząc o ataku na World Trade Center, Ojciec Judge pośpieszył na to miejsce. Spotkany przez burmistrza Nowego Jorku, Rodolpha Giulianiego, został poproszony przez niego o modlitwę za miasto i ofiary ataku. Judge udzielił ostatniego namaszczenia osobie leżącej na ulicy i wszedł do lobby Północnej Wieży World Trade Center, gdzie zorganizowano stanowisko dowodzenia. Tam udzielał pomocy i modlił się za ratowników, rannych i zmarłych.
Kiedy o 9:59 runęła Południowa Wieża, jej gruzy przeleciały przez lobby Wieży Północnej, śmiertelnie raniąc wielu ludzi znajdujących się w środku, w tym Ojca Judge. Według autora jego biografii, Michaela Daly’ego, felietonisty New York Daily News, Judge został raniony w głowę i zabity w momencie gdy modlił się, powtarzając: „Jezu, proszę, zakończ to w tej chwili! Boże, proszę, zakończ to!”Artykuł pt. They made America, the beaut NY Daily Newss. 336: Daly, Michael, The Book of Mychal: The Surprising Life and Heroic Death of Father Mychal Judge. St. Martin's Press (2008).