Podlegały mu oddziały partyzanckie dowodzone przez Mariana Grzebisza, Juliana Czuby i Edwarda Konarskiego. W Lublinie utrzymywał kontakt z grupą działaczy RPPS, a w Warszawie - z GL, a następnie AL i grupą intelektualistów skupionych wokół Stefana Żółkiewskiego i Władysława Bieńkowskiego. Wiosną 1944 nawiązał współdziałanie ze Zgrupowaniem Partyzanckim „Jeszcze Polska nie zginęła”. Został aresztowany 6 czerwca 1944 w pociągu. Został uwięziony na Pawiaku, a później w Groß-Rosen i Mittelbau-Dora. Z tego ostatniego obozu zbiegł wraz z grupą innych więźniów, został jednak schwytany i zmarł w szpitalu więziennym.
Został pośmiertnie awansowany do stopnia podpułkownika.
Ordery i odznaczenia Order Krzyża Grunwaldu III klasy (13 września 1946) „za zasługi w walce z okupantem niemieckim i pracę konspiracyjną”.
Upamiętnienie Na cmentarzu w Puchaczowie znajduje się jego cenotaf. Szkoła Podstawowa w Rossoszu nosi jego imię Podstrona poświęcona pamięci patrona. W 2008 ukazała się jego biografia autorstwa Janusza Gmitruka pt. Stefan Skoczylas 1918–1945.