W czerwcu 1881 roku urządzono tu w nadal nieukończonym teatrze dziesięciodniowy stagione dla przebywającego w Pradze austriackiego następcy tronu. Wystawiono m.in. po raz pierwszy Libuszę Bedřicha Smetany. W tym samym roku w sierpniu miał miejsce tragiczny pożar, który znacznie uszkodził budynek. Tym razem jednak prace renowacyjne poszły znacznie szybciej i już 18 listopada 1883 otwarto teatr inscenizacją tego samego dzieła Smetany. W prace wykończeniowe zaangażowani byli niemal wszyscy ważniejsi artyści ówczesnych Czech.
18 listopada 1983 w setną rocznicę powstania otwarto teatr ponownie po gruntownej renowacji trwającej od 1977 roku – także Libuszą Smetany. Teatrowi przybyło również nowe, futurystyczne skrzydło.
Stan obecny Dziś Teatr Narodowy składa się z trzech zespołów artystycznych, opery, baletu i dramatu, które na przemian grają w zabytkowym budynku Teatru Narodowego, w Teatrze Stanowym (Stavovské divadlo) oraz w Teatrze Kolowrat. Wszystkie trzy zespoły artystyczne wybierają swój repertuar zarówno spośród klasyki światowej, jak też prezentują kulturalną spuściznę rodzimych autorów, sięgają także po utwory współczesne.
1 stycznia 2012 do Teatru Narodowego przyłączyła się Opera Państwowa w Pradze – tym samym zespół wzbogacił się o piątą scenę.