II wojna światowa Podczas kampanii wrześniowej gen. bryg. Józef Kustroń dowodził nadal 21 Dywizją Piechoty Górskiej, wchodzącą w skład Grupy Operacyjnej „Bielsko” i Armii „Kraków”. Od 1 września 1939 21 DPG uczestniczyła w ciężkich walkach odwrotowych, po których osłabiona przedarła się na południową Lubelszczyznę. 16 września Dywizja, usiłując przebić się, stoczyła zaciekłą walkę pod Oleszycami z przeważającymi siłami niemieckiej 45 Dywizji Piechoty. Około godz. 14 w lesie między Koziejówką a Ułazowem generał Kustroń został zabity, uczestnicząc w ataku podczas próby przebicia się. Został pochowany na polu bitwy. Zwłoki ekshumowano trzykrotnie. W 1953 jego grób przeniesiono do Nowego Sącza.
Życie prywatne Żonaty od 1916 z Aleksandrą z Dagnanów, z którą miał troje dzieci: Stanisława (ur. 18 kwietnia 1918), Krystynę (ur. 14 czerwca 1922) i Adama (ur. 7 czerwca 1927).
W kwietniu 2016 w archiwum Instytutu Polskiego i Muzeum im. gen. Sikorskiego w Londynie został odnaleziony list wdowy po generale – Aleksandry, skierowany jesienią 1939 do gen.