Od 31 października 1918 uczestniczył w rozbrajaniu żołnierzy austriackich w Krakowie.
Dwudziestolecie międzywojenne Od 1 listopada 1918 służył w odrodzonym Wojsku Polskim. Od stycznia 1919 pracował w Ministerstwie Spraw Wojskowych i na stanowiskach sztabowych. Podczas wojny polsko-bolszewickiej, od lipca 1920 kierował z ramienia Naczelnego Dowództwa w stopniu podpułkownika przewozami wojskowego transportu kolejowego i ewakuacją kolejową na zachód. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu podpułkownika ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 i 130. lokatą w korpusie oficerów piechoty, a jego oddziałem macierzystym był wówczas 33 pułk piechoty. 10 lipca 1922 został zatwierdzony na stanowisku dowódcy pułku batalionu sztabowego 43 pułku piechoty w Dubnie. 18 listopada 1922 roku został przeniesiony do 42 pułku piechoty w Białymstoku na stanowisko zastępcy dowódcy pułku. 18 stycznia 1925 został przeniesiony do 55 pułku piechoty w Lesznie na stanowisko dowódcy pułku. 3 maja 1926 został awansowany na pułkownika ze starszeństwem z dniem 1 lipca 1925 i 7. lokatą w korpusie oficerów piechoty. Podczas przewrotu majowego, Kustroń jako piłsudczyk nie dopuścił do wyruszenia swojego pułku na odsiecz siłom rządowym. 21 stycznia 1930 został mianowany dowódcą piechoty dywizyjnej 16 Pomorskiej Dywizji Piechoty w Grudziądzu.