Jego stanowisko nazywane jest dualizmem: W świecie istnieją tylko dwie substancje rozciągłe i myślące, które nie sprowadzają się do siebie – stanowią dwa oddzielne światy. Poza jednym wyjątkiem, jakim jest człowiek, w ogóle się ze sobą nie stykają. Nie mogąc wymyślić nic innego, na miejsce ich złączenia w człowieku wyznaczył szyszynkę, bo jej rola w jego czasach była w ogóle nieznana. Kartezjusz z jednej strony radykalnie oddzielił od siebie dusze i ciała, z drugiej zaś strony nie mógł nie zgodzić się z tym, że jakoś na siebie oddziałują. Zaproponował rozwiązanie, które tak naprawdę nikogo, łącznie z nim samym, nie zadowalało. Ciało nie może powodować żadnych zmian w duszy ani dusza w ciele, ale ciało wpłynąć może na zmianę tego, co dzieje się w duszy, a dusza wpłynąć na zmianę tego, co dzieje się w ciele.
Za jego sprawą stosunek duszy do ciała stał się głównym zagadnieniem siedemnastego stulecia. Problem ten przybrał następujące rozwiązania: