Struktura organizacyjna Podstawową komórką SCN był wydział. Istniały też komórki wyższego rzędu w postaci grup wydziałów z kierownikiem na czele, które łączyły merytorycznie pokrewne wydziały. Podstawowa praca odbywała się na poziomie wydziałów i w komitetach na poziomie Grup Wydziałów. Na czele SCN stał kierownik, a jego organem doradczym była rada kierowników Grup Wydziałów oraz szef Wydziału Organizacyjnego (sekretariatu). Sekretarzem (sekretarz generalny) był mgr inż. Tadeusz Skarżyński ps. "Malarski", "Farbiarz", "Bończa", "Olsza". SCN składała się z 19 wydziałów zgrupowanych w 4 tzw. Grupach: Grupa Gospodarcza (kierownik – dr inż. Stefan Nowicki ps. "Rogala") – Wydziały: Finansowy, Przemysłowy, Handlowy, Rolniczy, Statystyczny i Biuro Planowania; Grupa Wychowania Narodowego (kierownik - prof. Ludwik Jaxa-Bykowski z SN) – Wydziały: Wyznań Religijnych, Oświaty i Kultury; Grupa Techniczna – Wydziały: Robót Publicznych, Komunikacji i Telekomunikacji; Grupa Prawno-Administracyjna (kierownik Stanisław Kasznica z ZJ) –Wydziały: Prawny (kierownik – Witold Bayer), Zachodni (kierownik – Lech Neyman ps. "Witold Górnicki", "Domarat"), Wschodni i Szefostwo Administracji (kierownik – prof. Stanisław Kasznica ps. "Łużycki") oraz Wydziały niezależne: Organizacyjny (kierownik – Jerzy Olgierd Iłłakowicz ps.