Producent podpisał umowy jedynie z czterema liniami lotniczymi na wszystkich 37 maszyn. thumb|left|Convair 990 podczas testów w bazie NASA Podczas testów w tunelu aerodynamicznym nie wyszły na jaw dwa problemy, które stały się oczywiste podczas lotów testowych. Pierwszy problem stanowiły turbulencje wytwarzane podczas lotu na łączeniu pylonów silników i krawędzi natarcia skrzydła, co zostało naprawione poprzez dodanie klap Kruegera. Poważniejszy problem stanowiła jednak możliwość huśtania się silników przy pełnym zatankowaniu paliwa do zbiorników umieszczonych na skrzydłach (wspomniane wcześniej , pełniły również rolę zbiorników paliwa). Wobec tego pierwsza maszyna została odstawiona na sześć tygodni zmiany konstrukcji 21 marca 1961, kiedy druga (pierwszy lot 30 marca 1961) kontynuowała testy kołowania i systemów. Przewidywano, że zmiany spowodują opóźnienie certyfikacji FAA (Federal Aviation Administration) o sześć miesięcy (czerwiec-grudzień). W tym czasie Swissair zgodziły się na leasing dwóch Convair 880M, do czasu dostarczania Convair 990.