Historia Młynary na miejscu wcześniejszej osady pruskiej w 1327 założyli Krzyżacy, w 1329 uzyskało prawa miejskie, było to miasteczko obwiedzione murami miejskimi z cegły z dwoma bramami: Górną i Dolną. W 1338 nastąpiło ponowienie praw miejskich, w skład zabudowy wchodził obronny kościół. Bliskość Braniewa, Ornety i Elbląga sprawiła, że miasto nigdy nie doświadczyło prężnego rozwoju. Pełniło rolę lokalnego ośrodka handlu i usługJan Bałdowski, Warmia i Mazury, mały przewodnik, Wydawnictwo Sport i Turystyka, Warszawa 1977, s. 138.
mały|lewo|Akt oddania się stanów pruskich królowi Polski Kazimierzowi IV Jagiellończykowi i Koronie Królestwa Polskiego, 1454, Archiwum Główne Akt Dawnych Od początku znaczną część mieszczan stanowili Polacy (do XVI w. wszystkie nabożeństwa odbywały się w języku polskim, a w akcie ponowienia praw miejskich znalazły się zapisy dotyczące sposobu rozstrzygania sporów pomiędzy ludnością polską i pozostałą). W 1440 miasto przystąpiło do antykrzyżackiego Związku Pruskiego, na prośbę którego w 1454 król Kazimierz IV Jagiellończyk ogłosił wcielenie regionu do Królestwa Polskiego, niemniej po wybuchu wojny trzynastoletniej zostało w 1455 r. zdobyte przez Krzyżaków, którzy w ramach zemsty utopili burmistrza miasta. W tym samym roku zostało odbite przez siły propolskie.