Kiedy została ona wchłonięta przez Universal Music Group, zespół Rise Against odnalazł się w jednym z oddziałów korporacji – Geffen Records, wydając Siren Song of the Counter Culture, w sierpniu 2004 roku. Ich czwarty album zatytułowany The Sufferer and the Witness został wydany 4 lipca 2006 roku, zdobywając dziesiąte miejsce na liście 200 najlepiej sprzedających się płyt, publikowanej przez magazyn Billboard. Płyta DVD zatytułowana Generation Lost zawierała materiały o członkach zespołu.
Trasa koncertowa wspierająca album Siren Song of the Counter Culture dosięgała Stanów Zjednoczonych, Europy, Australii i Japonii. Zespół występował również z grupami The Used i Story of the Year''' w ramach trasy koncertowej Taste of Chaos w 2005 roku w Stanach, Australii i Europie.