Dalsze zmiany organizacyjne Hiszpańskiej Legii Cudzoziemskiej przeprowadzono w 1987. Wtedy to Kwaterę Główną Legii (SLEG) i Szkołę Dowódców przeniesiono do Malagi. Stacjonujące w afrykańskich bazach pułki zmniejszono, likwidując po jednym batalionie. Natomiast w każdym pułku jeden z batalionów został zmechanizowany. Rozwiązano także batalion zapasowy 4. pułku. Oddział do Zadań Specjalnych rozbudowano do batalionu (BOEL) w sile trzech kompanii. W 1989 rozwiązano Grupę Lekkiej Kawalerii i Szkołę Dowódców. Po tych zmianach Legia liczyła około 6500 żołnierzy.
Na początku lat 90. planowano likwidację tej formacji, lecz ostatecznie przekształcono ją w jednostkę sił szybkiego reagowania, która bierze udział w operacjach pokojowych w ramach wojsk NATO m.in. w Bośni. Podlega ona bezpośrednio Sztabowi Generalnemu armii hiszpańskiej.
Jednostki Hiszpańskiej Legii Cudzoziemskiej wzięły udział w operacji w Iraku w składzie sił stabilizacyjnych. Stacjonowały w Ad-Diwanijja wraz z oddziałami salwadorskimi.