ha gruntów odebranych wielkim obszarnikom, którzy zajęli nielegalnie tereny należące do Indian.
Stale dochodziło do starć pomiędzy siłami rządowymi a Zapatystowską Armią Wyzwolenia Narodowego (Ejército Zapatista de Liberación Nacional – EZLN). Zedillo zapowiedział zmianę polityki wobec Zapatystów, zarzucając im przede wszystkim brak gotowości do dialogu.
Rząd zerwał rozmowy z powstańcami i 9 lutego 1995 do stanu Chiapas wkroczyło 2500 żołnierzy. Aresztowano część przywódców powstania. Równocześnie Zedillo oznajmił, iż rząd nie chce rozwiązywać konfliktu siłą. 13 lutego 1995 Zedillo zażądał zwołania nadzwyczajnego posiedzenia Kongresu w celu uchwalenia ustawy o amnestii dla powstańców, którzy złożą broń i zobowiążą się do dochodzenia w przyszłości swych praw wyłącznie metodami politycznymi.
Zedillo został zastąpiony na fotelu prezydenckim przez Vicente Foxa, który 2 lipca 2000, dzięki reformom Zedillo, wygrał pierwsze w pełni demokratyczne wybory prezydenckie z ramienia Partii Akcji Narodowej.