wojna domowa Jedi), Zakon zostaje niemal całkowicie zniszczony.
Sithowie wierzą, że postać gracza jest ostatnim pozostałym przy życiu Jedi.
Fabuła gry Gra rozpoczyna się na stacji górniczej – planetoidzie Peragus II, gdzie po ataku trafia zniszczony statek Mroczny Jastrząb. Z załogi ocalały jedynie dwie osoby: Wygnana Jedi – postać gracza, która cierpi na zaniki pamięci – oraz Kreia, a także robot T3-M4. Po przybyciu na planetę gracz odkrywa, iż niemal cała załoga Peragus II została zamordowana, prawdopodobnie przez droidy, które ktoś przeprogramował tak, by zabijały ludzi. Jedynym ocalałym jest uwięziony pilot Atton Rand, który po uwolnieniu pomaga Wygnanej w wydostaniu się z Peragusa II. W czasie, gdy postać gracza stara się dostać do statku, na którego pokładzie będzie mogła opuścić planetę, na Peragus II pojawia się okręt zdominowany przez Sithów. Wtedy to po raz pierwszy gracz musi zmierzyć się z Zabójcami Sith, również wtedy poznaje jednego z głównych przeciwników w grze – Dartha Siona. W pojedynku z nim Kreia traci rękę.