Po wojnie przejął obowiązki zamordowanego przez gestapo Marca Blocha w redakcji „Annales. Économies, Sociétés, Civilisations” (1946) i w Collège de France (1949). Po śmierci Luciena Febvre’a w roku 1956 objął kierownictwo sekcji VI École des hautes études en sciences sociales oraz „Annales. Économies, Sociétés, Civilisations” stając się bezdyskusyjnym przywódcą szkoły Annales i nauczycielem wszystkich jej późniejszych przedstawicieli.
W 1984 roku został wybrany na członka Akademii Francuskiej. Był członkiem zagranicznym PAN, a w 1967 doktorem honoris causa Uniwersytetu Warszawskiego. Został Komandorem Legii Honorowej oraz Komandorem Orderu Palm Akademickich. thumb|250px|Nagrobek Fernanda Braudela Zmarł w swej rezydencji w Saint-Gervais-les-Bains, pochowany został na Cmentarzu Père-Lachaise.
Działalność naukowa Braudel dążył w swych pracach do wyjścia poza ramy tradycyjnej historiografii i stworzenia „historii totalnej” opisującej nie tylko wydarzenia polityczne, ale także dzieje cywilizacji. W swych pracach łączył wiedzę z zakresu geografii historycznej, historii klimatu, historii kultury materialnej i życia codziennego, historii społecznej i gospodarczej oraz klasycznej historii politycznej, chętnie posługiwał się danymi ilościowymi i analizą statystyczną.