thumb|Biomonitoring ichtiofauny – jednego z elementów biologicznych stanu ekologicznego wód thumb|Piezometr do monitoringu wód podziemnych Monitoring jakości wód – systematyczne pomiary, oceny i prognozy stanu środowiska wodnego. W Polsce monitoring jakości wód jest jednym z podsystemów Państwowego Monitoringu Środowiska. Celem monitoringu jest ustalenie stanu jakościowego wód, a przez to podstaw do podejmowania działań na rzecz jej poprawy w razie potrzeby. Jest to podstawa ochrony wód, zwłaszcza ochrony przed zanieczyszczeniem, zarówno zanieczyszczeniem prowadzącym do eutrofizacji, głównie pochodzącym z sektora bytowo-komunalnego i rolnictwa (zanieczyszczenia biogenne), jak i zanieczyszczeniem przemysłowym. Ponieważ ocena stanu wód powierzchniowych wykorzystywana jest do zintegrowanego zarządzania wodami, monitoring wód dotyczy wód powierzchniowych i podziemnych.
W Polsce programy monitoringu środowiska są ustalane na trzyletnie okresy.
Rodzaje monitoringu Monitoring wód, zgodnie z wymogami Ramowej Dyrektywy Wodnej, dzieli się na cztery rodzaje różniące się zakresem i częstotliwością badań: monitoring diagnostyczny monitoring operacyjny monitoring badawczy monitoring obszarów chronionych (w Polsce do 2011 r.