Zaczęto więc domagać się odebrania magnatom bezprawnie trzymanych przez nich dóbr państwowych, w związku z tym szlachta na sejmie w latach 1562–1563 zażądała egzekucjiEgzekucja dóbr koronnych na sejmie piotrowskim w roku 1562 Przemyśl 1884. nieprawnie trzymanych dóbr w zamian za zgodę na podatki na wojnę w Inflantach. Na podstawie uchwały sejmu co 5 lat miały być dokonywane lustracje dóbr królewskich, aby sprawdzać czy nie są one zawłaszczone przez prywatne osoby. Z lustracji były wyłączone dobra na Litwie w związku ze sprzeciwem tamtejszej magnaterii.
W XVI wieku na terenie Korony uformował się podział na skarb królewski (skarb nadworny) i skarb państwowy.
Cały dochód z ekonomii (dóbr stołowych) płynął do skarbu nadwornego na potrzeby króla. Uformowało się wtedy 9 ekonomii z 21 miastami i 312 wsiami, które przynosiło około 60 tys. zł rocznie. Ponadto do dóbr stołowych wpływał dochód z żup solnych w Wieliczce, palowe z Gdańska i Elbląga, dochód z ceł i mennicy oraz część dochodów z królewszczyzn.