Po rozpadzie Jugosławii Babunski zaczął grać w reprezentacji Macedonii. Zadebiutował w niej 13 października 1993 roku w wygranym 4:1 towarzyskim meczu ze Słowenią. W barwach Macedonii grał w eliminacjach do Euro 96, MŚ 1998 i eliminacjach do Euro 2000. W kadrze Macedonii od 1993 do 2000 roku rozegrał łącznie 23 mecze i strzelił 1 gola.
Mecze i gole w reprezentacji # Data Stadion Rywal Wynik Gol RozgrywkiJugosławia1991 1. 04.09.1991 Sztokholm, Szwecja 3:4 0 towarzyski 2. 30.10.1991 Varginha, Brazylia 1:3 0 towarzyskiMacedonia1993 1. 13.10.1993 Kranj, Słowenia 4:1 0 towarzyski1994 2. 07.09.1994 Skopje, Macedonia 1:1 0 el. ME 1996 3. 12.10.1994 Skopje, Macedonia 0:2 0 el. ME 1996 4. 17.12.1994 Skopje, Macedonia 3:0 0 el. ME 19961995 5. 10.05.1995 Erywań, Armenia 2:2 0 el. ME 1996 6. 07.06.1995 Skopje, Macedonia 0:5 0 el. ME 1996 7. 06.09.1995 Skopje, Macedonia 1:2 0 el. ME 1996 8. 15.11.1995 Elche, Hiszpania 0:3 0 el. ME 19961996 9. 27.03.1996 Prilep, Macedonia 1:0 0 towarzyski 10. 24.04.1996 Skopje, Macedonia 3:0 1 el. MŚ 19981997 11. 07.06.1997 Skopje, Macedonia 1:0 0 el. MŚ 1998 12. 06.09.1997 Wilno, Litwa 0:2 0 el. MŚ 19981998 13. 18.11.1998 Ta’ Qali, Malta 2:1 0 el. ME 20001999 14. 10.02.1999 Tirana, Albania 0:2 0 towarzyski 15. 05.06.1999 Skopje, Macedonia 1:1 0 el. ME 2000 16. 09.06.1999 Dublin, Irlandia 0:1 0 el.