Od 1954 roku Instytut związał się z amerykańskimi organizacjami naukowymi, które wzmocniły go finansowo, ale jednocześnie ukierunkowały jego działalność na działania prowadzone w interesie polityki władz USA w stosunku do ZSRR. Na działania Instytutu coraz większy wpływ miały też amerykańskie służby specjalne. Ostatecznie Amerykanie przejęli pełną kontrolę nad Instytutem. Ograniczyło to znacznie dotychczasową niezależność naukową jego pracowników. Działalność Instytutu od poł. lat 50. skupiła się na zagadnieniach narodowościowych i wspieraniu organizacji separatystycznych reprezentujących poszczególne narody zamieszkujące Związek Radziecki. Ich celem miało być doprowadzenie do rozpadu ZSRR. W rezultacie w 1955 roku do dymisji podał się N. A. Troicki, a funkcję dyrektora objął W. S. Miercałow. Po jego śmierci kolejnym dyrektorem został G. E. Szulc, kierujący Instytutem do jego likwidacji. W tym okresie strona amerykańska zapewniła sobie dycedujący głos przy przygotowywaniu corocznego planu prac naukowych ośrodka.
Zamknięcie Instytutu było związane z ociepleniem polityki USA w stosunku do ZSRR. Materiały archiwalne ośrodka nie zostały przekazane Amerykanom. G. E. Szulc oddał je Rosyjskiemu Funduszowi Kultury, który w latach 90.