Tytuł zdobył prestiżową Nagrodę Hugo w 1988 – po raz pierwszy przyznaną komiksowi – oraz szereg innych wyróżnień, w tym British Eagle Awards i Nagrodę Locusa.
Pomimo sukcesu Strażników, Moore popadł w konflikt z DC Comics, oskarżając wydawnictwo o nieuczciwe traktowanie finansowe i zawłaszczenie praw autorskich. Wcześniej spór o prawa do Marvelmana doprowadził go do zerwania również z Marvel Comics, które wymusiło zmianę tytułu na Miracleman w USA.
Po zerwaniu współpracy z DC i Marvelem mały|Alan Moore dający autografy (2006) Po odejściu z DC Moore, wraz z rysownikiem Brianem Bollandem, stworzył Batman: Zabójczy żart (1988), uznawany za jedną z najlepszych historii o Jokerze, a następnie zwrócił się ku mniejszym, niezależnym wydawnictwom. W tym okresie powstały m.in. Big Numbers (z Billem Sienkiewiczem), A Small Killing, Zagubione dziewczęta (z Melindą Gebbie) i Prosto z piekła (z Eddiem Campbellem).
W latach 90. współpracował z wydawnictwem Image Comics, gdzie pisał m.in. scenariusze do Spawna Todda McFarlane’a oraz stworzył serię 1963 i Supreme – ironiczną reinterpretację mitu o Supermanie. Natomiast w 1996 ukaała się jego pierwsza powieść Voice of the Fire.