W dniach 1–3 kwietnia 1992 Sobór Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego rozważał kwestię autokefalii Kościoła na Ukrainie. Występując przed jego uczestnikami, metropolita Filaret stwierdził, iż Cerkiew Ukraińska spełnia wszelkie warunki autokefalizacji, ponadto jako organizm niezależny od Moskwy mogłaby skuteczniej rywalizować z Kościołem greckokatolickim oraz z Ukraińskim Autokefalicznym Kościołem Prawosławnym. W atmosferze pogarszających się stosunków ukraińsko-rosyjskich Synod poparł jednak przeciwników autokefalii i zażądał od metropolity Filareta deklaracji odejścia z urzędu. Obiecał mu przy tym powierzenie innej katedry, w Rosji. Kwestię przyszłości Kościoła na Ukrainie miał rozważyć kolejny sobór, nie podano jednak terminu jego zwołania.
Po powrocie na Ukrainę metropolita oznajmił, iż deklaracja odejścia została na nim wymuszona. Zaczął również zwalczać wewnątrzkościelną opozycję, przenosząc sprzeciwiających się autokefalii hierarchów na mało prestiżowe katedry lub wymuszając odejście w stan spoczynku. Wówczas Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego zwolnił biskupów ukraińskich z obowiązku posłuszeństwa metropolicie.