Kariera reprezentacyjna W latach 2000 – 2001 czterokrotnie wystąpił w reprezentacji Niemiec U-21DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – StatisticsDFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistics, ani razu nie zdobył gola.
W 2003 roku został objęty programem Team 2006. Projekt ten miał za zadanie przygotować najzdolniejszych niemieckich piłkarzy młodego pokolenia do występu na Mistrzostwach Świata rozgrywanych przed własną publicznością. Drużyna funkcjonowała w latach 2002 – 2005 i rozegrała 10 meczówDFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistik, z których Müller zagrał w czterech. Występował u boku takich piłkarzy jak: Simon Jentzsch, Marcel Maltritz, Tim Borowski czy Florian Kringe.
Statystyki l.p.Data Miejsce Reprezentacja Przeciwnik Rezultat Grał Uwagi1.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistics14 listopada 2000Odense 2-2 90' 2.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistics27 lutego 2001Sofia 0-1 90' 3.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistics23 marca 2001Kolonia 8-0 do 70' 4.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Statistics27 marca 2001Ateny 0-2 90' 1.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Türkei – Deutschland30 kwietnia 2003Ankara Team 2006 Turcja B 0-0 od 70' 2.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V. – Deutschland – Russland4 września 2003Aalen Team 2006 Rosja B 3-2 do 46' 3.DFB – Deutscher Fußball-Bund e.V.