Pierwszy sezon po powrocie do 1. Bundesligi piłkarze norymberskiego klubu zakończyli na czternastej pozycji, a najlepszym strzelcem całych rozgrywek został zawodnik 1. FC Nürnberg Marek Mintál (strzelił 24 gole, z czego jednego przy asyście Svena Müllera). Wychowanek TSV Burgau zakończył rozgrywki z trzydziestoma trzema meczami, trzema bramkami i trzema asystami na koncie.
W kolejnym sezonie rozegrał tylko siedemnaście spotkań, notując jedną asystę, po czym odszedł do 1. FC Kaiserslautern.
1. FC Kaiserslautern Pierwszy sezon w nowym klubie Müller rozpoczął jako gracz podstawowego składu. Premierowego gola zdobył 8 listopada 2006 w wygranym 4-0 spotkaniu przeciwko SV Wacker Burghausen. W całym sezonie rozegrał trzydzieści jeden meczów, strzelił dwie bramki i trzykrotnie asystował przy trafieniach kolegów, a jego klub zajął szóste miejsce w tabeli.
Kolejny sezon był mniej udany, zarówno dla piłkarza jak i dla drużyny. Zawodnik zagrał w trzydziestu jeden spotkaniach, ale tylko raz trafił do siatki rywala i zanotował trzy asysty. Zespół zajął dopiero trzynaste miejsce w tabeli końcowej 2. Bundesligi i znaleźli się ledwie punkt nad strefą spadkową.