Związkowcy podnosili, że sąd zawierzył „stronniczemu raportowi Państwowej Komisji Badania Wypadków Kolejowych oraz Instytutowi Kolejnictwa, będącemu sędzią we własnej sprawie, gdyż opracowuje, opiniuje i wdraża na sieci PKP PLK SA urządzenia sterowania ruchem kolejowym”.
4 lipca 2016 roku Tomasz G. stawił się w zakładzie karnym do odbycia kary. Został przedterminowo zwolniony 6 listopada 2018 roku.
Według raportu PKBWK był to poważny wypadek kat. A06
Kontrowersje W 2019 roku Karol Trammer w książce „Ostre cięcie” podważył ustalenia Państwowej Komisji Badania Wypadków Kolejowych w sprawie wypadku. Według niego, nie skupiono się na zbadaniu różnic między słowami maszynisty tuż po wypadku a zapisem rozmów z radiotelefonu na stacji w Babach, przyjmując słowa wypowiedziane przez maszynistę tuż po wykolejeniu jako przyznanie się do winy. Trammer stwierdził, że PKBWK miała również pominąć dwie inne wersje wypadku, czyli błąd sygnalizacji – na co miały wskazywać zeznania maszynisty TLK i zdarzenie z 18 kwietnia 2012 roku – oraz błąd dyżurnego ruchu stacji Baby, spowodowany chaosem w prowadzeniu ruchu pociągów, nadmiaru pracy i złamaniem zasad bezpieczeństwa.