W latach 90. pałac Pod Baranami wrócił w ręce dawnych właścicieli, rodziny Potockich, a Krakowski Dom Kultury przeniósł się do kamienicy Pod Krukami przy Rynku Głównym 25, już jako Wojewódzki Ośrodek Kultury. Od 1 stycznia 2000 roku instytucja funkcjonowała pod nazwą Małopolski Ośrodek Kultury w Krakowie.
Zmiany w statucie Małopolskiego Ośrodka Kultury przyniosło objęcie stanowiska dyrektora przez Antoniego Bartosza. Nowymi obszarami działalności instytucji stały się między innymi promowanie małopolskiego dziedzictwa, rozbudowanie i podtrzymywanie regionalnego systemu informacji kulturalnej oraz edukacja kulturalna obejmująca nowe formy.
Małopolski Ośrodek Kultury stał się „placówką inspirująco-doradczą w czterech dziedzinach: efektywnym zarządzaniu w kulturze, nowej edukacji dla kultury, nowych technologiach w informacji o kulturze oraz analizie zjawisk i procesów zachodzących w kulturze”, czego konsekwencją była zmiana nazwy instytucji na Małopolski Instytut Kultury w 2002 roku.
W 2006 roku Małopolski Instytut Kultury przeniósł się na ulice Karmelicką, a w styczniu 2016 roku do Domu Erazma przy ulicy 28 lipca 1943 roku 17C. W latach 2008-2024 dyrektorką MIK była Joanna Orlik, jej obowiązki przejął w październiku 2024 Tomasz Włodarski.Historia.