Do grona pedagogów Akademii, którzy wprowadzili do polskiej metodyki metodę poglądową, należeli m.in.: Jan Jerzy Szlichtyng (Schlichting), teolog braci polskich i biblista, autor komentarzy do Nowego Testamentu. Jan Crell (Johannes Crell), teolog pochodzenia niemieckiego, jej rektor w latach 1616–1621. Marcin Ruar, niemiecki myśliciel religijny działający w Polsce, ideolog braci polskich, od 1621–1622 jej rektor. Joachim Stegmann, matematyk i myśliciel religijny pochodzenia niemieckiego, autor nowoczesnego podręcznika do matematyki.
Do powstania Akademii przyczynił się Wojciech z Kalisza.
W Akademii uczono języków: łacińskiego, polskiego, niemieckiego, włoskiego, francuskiego, logiki, etyki, retoryki, matematyki, zapoznawano z elementami prawoznawstwa, polityki i nauk przyrodniczych. Teologii uczono w języku polskim.
Dla Akademii pisali podręczniki: Jan Licinius (do nauki języków łacińskiego, niemieckiego i polskiego), Walenty Smalc (Katechizm), Jan Crell (Prima ethices elementa [Pierwsze elementy etyki]), Mathurin Cordier z Lozanny (nauka potocznej łaciny i zasad moralnych), Joachim Stegmann (nowatorski podręcznik matematyki i geometrii).