Historia Park został utworzony w 1979 roku pod nazwą Park Narodowy Huanchaca i zajmował mniej niż połowę swojej obecnej powierzchni. Istniał tylko teoretycznie. Nie było strażników, nie prowadzono żadnej działalności. Ten trudno dostępny obszar upodobali sobie za to handlarze narkotyków. Zaczęły działać laboratoria produkujące kokainę, zbudowano tajne lądowiska. We wrześniu 1986 roku handlarze narkotyków zabili tam jednego z najbardziej znanych w Boliwii przyrodników – Noela Kempff Mercado. Wstrząsnęło to boliwijskim społeczeństwem. Utworzono ośrodek, którego zadaniem było zaplanowanie i zagospodarowanie terenu, powiększono obszar parku, zatrudniono strażników, powstały punkty kontrolne, zainwestowano w pojazdy, transport lądowy i rzeczny. Kilka lat później zmieniono nazwę parku na cześć zamordowanego naukowca. Flora W parku odnotowano do tej pory około 2700 gatunków roślin wyższych, jednak szacuje się, że może istnieć ich blisko 4000. Rośnie tu ponad sto odmian storczyków, a także m.in.: Swietenia macrophylla, zagrożona wyginięciem (EN) Amburana cearensis, narażony na wyginięcie (VU) cedrzyk wonny, kauczukowiec brazylijski i kilka gatunków palm, takich jak Euterpe precatoria, Syagrus petraea, Maximiliana maripa, Socratea exorrhiza i Mauritia flexuosa.