W 1555 roku na synodzie w Koźminku bracia czescy weszli w unię z rodzącym się w Polsce Kościołem kalwińskim, która przetrwała dwa lata. W 1570 roku uczestniczyli w pracach nad unią ambony i ołtarza Kościołów ewangelickich w Rzeczypospolitej i byli sygnatariuszami Zgody sandomierskiej. W 1645 na zjeździe w Lesznie bracia czescy przyłączyli się do Kościoła reformowanego. Od końca XVII wieku zaczęli się coraz bardziej doktrynalnie upodabniać do kalwinizmu i pod koniec XVIII wieku o ich odmienności stanowiła właściwie tylko nazwa i autonomia gmin wyznaniowych.
Wspólnota braci czeskich z Leszna wzięła czynny udział w przygotowaniach do najazdu szwedzkiego na PolskęZbigniew Wójcik, Międzynarodowe położenie Rzeczypospolitej, w: Polska XVII wieku, Warszawa 1974, s. 54.. Spotkały ich za to represje, co przyczyniło się do upadku prowincji kościelnej. Choć w I fazie potopu wiele miast poddawało się Szwedom i oddawało miasta bez walki to spalono jedynie protestanckie Leszno.
W XVIII wieku liczebność wiernych Jednoty zaczęła drastycznie maleć.